В первую очередь, Putty – это SSH- и telnet-клиент. Но умеет работать не только по сети, но и через последовательный интерфейс, он же Serial, он же COM-порт.
Используется для того, что и HyperTerminal, но не только. Поскольку Putty умеет работать через SSH, то может подключаться по сети к Linux.